สถานพัฒนาบุคลากรเพื่อการศึกษาทางไกล เป็นหน่วยงานกลางมีฐานะเทียบเท่ากับหน่วยงานระดับกองในสำนักงานอธิการบดี ขึ้นตรงต่ออธิการบดี โดยมีผู้อำนวยการสถานพัฒนาบุคลากรเพื่อการศึกษาทางไกล เป็นผู้บริหารสูงสุดของหน่วยงาน มีโครงสร้างการบริหาร ดังนี้